Meikoku Gakuen Jutai-hen nói về Meikoku, một sức mạnh bí ẩn đang bao trùm lấy học viện Jinguu nơi Asada đang làm việc. Hiện tại anh đang cùng với hai người của ban quản trị học viện dấn vào thế giới đen tối trước mắt. Nhưng quan trọng hơn là quét thật nhiều "sơn trắng" lên càng nhiều nữ sinh càng tốt... để giải thoát cho những cô gái đó thoát khỏi sự thao túng của Meikoku.